Может ли руководитель работодателя выступать в качестве ответчика по трудовому спору?

Если речь идет о трудовом споре, то сторонами такого спора могут быть работник и работодатель.

Руководитель департамента в соответствии с подпунктом 40) пункта 1 статьи 1 ТК РК является представителем работодателя, то есть лицом, уполномоченным на основании учредительных документов и (или) доверенности представлять интересы работодателя.

Трудовой спор в соответствии с подпунктом 16) указанного пункта представляет собой разногласия между работником (работниками) и работодателем (работодателями).

Таким образом, ответчиком по такому спору должен выступать только работодатель.